Câu lạc bộ được thành lập vào năm 1883 và tham gia Peterborough & District League năm 1911.[2] Mặc dù rời giải đấu vào năm 1929, đội đã trở lại vào mùa giải sau đó và trở thành Vô địch Division One vào năm 1933-34.[3] Đội rời giải đấu một lần nữa vào năm 1935, nhưng trở lại vào năm 1937 và tiếp tục vô địch giải đấu lần thứ hai vào năm 1939-40.[2] Sau Chiến tranh thế giới thứ hai, câu lạc bộ đã vô địch vào các năm 1945-46 và 1946-47,[3] sau đó tham gia United Counties League. Tuy nhiên, đội gặp khó khăn ở giải đấu mới, về nhì từ dưới lên vào các năm 1948-49 và 1949-50, xếp cuối mùa giải 1953-54 và về nhì một lần nữa mùa giải 1954-55 và 1955-56.[4] Sau khi rời giải vào năm 1956, đội gia nhập lại Peterborough & District League, trước khi chuyển sang Division One South của Central Alliance năm 1958.[5]

Bourne vô địch Division One South mùa giải 1959-60,[5] and in 1961 và vào năm 1961, đội gia nhập Midland League mới được cải tổ.[4] Sau khi kết thúc với vị trí thứ hai từ dưới lên mùa giải 1964-65, đội trở lại United Counties League và được xếp vào Division One. Đội đã kết thúc với vị trí á quân trong mùa giải đầu tiên trở lại giải đấu, và tiếp tục giành các chức vô địch liên tiếp mùa giải 1968-69 và 1969-70, đồng thời giành được Knock-Out Cup trong mùa giải sau đó. Danh hiệu thứ ba giành được vào mùa giải 1971-72, sau đó Division One được đổi tên thành Premier Division.[4] Câu lạc bộ đã vô địch giải đấu lần thứ tư vào mùa giải 1990-91, một mùa giải cũng chứng kiến ​​đội giành được Benevolent Cup của giải đấu. Đội vẫn ở Premier Division cho đến cuối mùa giải 2009-10, khi đội bị xuống hạng đến Division One.[4]